Podem ter lugar dentro de um sítio Natura 2000, atividades que visam espécies da lista vermelha da UE ou espécies enumeradas no Anexo IV da Diretiva Habitats, desde que sejam coerentes com os objetivos de conservação deste sítio e não contradigam nem minem de forma alguma estes objetivos. No entanto, espera-se que o foco principal do projeto sejam os objetivos de conservação do sítio para as espécies e habitats dos anexos (Rede Natura 2000 protegida pela UE).
Embora não exista uma exigência estrita de comunicação sobre tais espécies nos dados padrão da Natura 2000 os Estados-Membros são encorajados a fornecer informações sobre a sua presença na secção "3.3 Outras espécies importantes da flora e da fauna (opcional)".